تمامی شرکت‌های دانش‌بنیان مورد تأیید کارگروه ارزیابی و تشخیص شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان می‌توانند در صورت ثبت‌نام و مراجعه در سامانه WMS.IR از پرداخت چهار درصد مالیات علی‌الحساب به واردات معاف شوند.

روند ثبت‌نام در این سامانه به این صورت است که شرکت‌ها می‌توانند با انتخاب گزینه ثبت‌نام تولیدی، در بخش اطلاعات پروانه در صورتیکه دارای پروانه بهره‌برداری از یکی از وزارتخانه‌های صنعت، جهاد کشاورزی و بهداشت نیستند، با انتخاب گزینه شرکت دانش‌بنیان و وارد کردن شناسه ملی در بخش شماره پروانه اقدام به ثبت‌نام کنند و از پرداخت مالیات چهار درصد علی‌الحساب بر واردات معاف شوند.

برخی دیگر از تسهیلاتی که شرکت‌های دانش‌بنیان می‌توانند با ثبت‌نام در این سامانه از آن بهره‌مند شوند، شامل «تسهیل ورود کالا در مسیرهای سبز و امکان اظهار قبل از ورود»، «کیل مصرف و استرداد پروانه وارداتی»، «تسهیل انجام تشریفات گمرکی برای تولیدی‌های مستقر در مناطق آزاد و ویژه» و همچنین «تسهیل در جابجایی کالا با صدور پته خروجی از انبار تولیدی برای استعلام نیروهای انتظامی» است.

همچنین «برقراری ارتباط مؤثر بین جامعه دانشگاهی و صنعتی در راستای کمک به نیازهای شرکت‌های تولیدی» و «بهبود فضای کسب‌وکار شرکت‌های تولیدی با بهره‌وری از زیرسامانه بازار به‌منظور معرفی کالای ایرانی به کشورهای دیگر» از دیگر تسهیلاتی است که تمامی شرکت‌های دانش‌بنیان می‌توانند ذیل قرارداد ذکر شده از آن بهره‌مند شوند.