شرکت‌های متقاضی که برای قرار گرفتن در فرایند شناسایی به مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری مراجعه می‌کنند، توسط کارگروه ارزیابی وابسته به این مرکز مورد ارزیابی قرار می‌گیرند. شرکت دانش‌بنیان تولیدی نوع ۱ از بالاترین درجه فناوری برخوردار است.

شرکت دانش‌بنیان تولیدی نوع ۲ نیز در رتبه دوم قرار دارد و بیش از ۱۳۰۰ شرکت دانش‌بنیان توانسته‌اند به عنوان شرکت دانش‌بنیان تولیدی نوع ۲ شناسایی شوند. شرکت‌های دانش‌بنیان با توجه به نیازهای کشور، در رشته های مختلفی، طبقه‌بندی می‌شوند.

حدود ۲۵۰ شرکت دانش‌بنیان در حوزه فناوری زیستی، کشاورزی و صنایع غذایی، ۳۰۰ شرکت نیز در بخش دارو و فرآورده‌های پیشرفته حوزه تشخیص و در حوزه ماشین آلات و تجهیزات پیشرفته بیش از ۱۲۵۰ شرکت دانش‌بنیان فعال هستند.

شرکت‌های فعال در حوزه وسائل، تجهیزات و ملزومات پزشکی کمتر از ۲۵۰ شرکت و شرکت‌های فعال در رشته‌های برق و الکترونیک و فوتونیک و مخابرات، فناوری اطلاعات و ارتباطات نیز بیش از ۱۰۰۰ شرکت هستند. بخشی از شرکت‌های دانش‌بنیان نیز در حوزه تجاری‌سازی خدمات فعالیت دارند. مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست‌جمهوری در تلاش است که سطح علمی شرکت‌های دانش‌بنیان را استفاده از برنامه‌های تشویقی ارتقاء دهد.

طیف وسیعی از خدمات به شرکت‌های دانش‌بنیان ارائه می‌شود و این امر موجب شده تا تعداد شرکت‌های دانش بنیان از ۳۰ شرکت در ابتدای راه به بیش از ۵ هزار و ۴۰۰ شرکت افزایش یابد.

بر اساس اعلام معاونت علمی، شرکت‌های دانش‌بنیان به ۴ دسته تولیدی نوع یک، تولیدی نوع ۲، نوپای نوع یک و نوپای نوع دو تقسیم می‌شوند و در حال حاضر بیش از ۶۰۰ شرکت دانش‌بنیان به عنوان تولیدی نوع یک شناسایی شده‌اند.