اگر شرکت به هر دلیلی توانایی پرداخت مالیات را نداشته باشد یا مالیاتی که باید پرداخت شود به هر دلیلی با درآمد شرکت تطابق ندارد باید اظهارنامه خود را در رابطه با مشکل پیش‌آمده به سازمان امور مالیاتی ارائه کند در صورت عدم پذیرش سازمان یا اعتراض شرکت، هیئت حل اختلاف مالیاتی تشکیل می‌شود.

در این هیئت نماینده سازمان مالیات، یک قاضی، نماینده اتاق بازرگانی و صنایع و معادن یا اتاق تعاون و جامعه حسابداری و مجامع حرفه‌ای به انتخاب مؤدی شرکت می‌کنند، مؤدی هم می‌تواند در جلسه حضورداشته باشد و بدون مؤدی جلسه برگزار و رأی صادر می‌شود. مؤدی به فرد مالیات‌دهنده اطلاق می‌شود که معمولاً مدیر مالی شرکت به‌عنوان مؤدی حاضر می‌شود. اعضای هیئت حل اختلاف باید بی‌طرف باشند. اگر مؤدی نسبت به رأی و نماینده سازمان امور مالیاتی به‌حکم اعتراض داشته باشند باید تا ۲۰ روز بعد از ابلاغ اعتراض کتبی خود را ارائه کنند. مدیر مالی تنها سمتی است که می‌تواند باتجربه و هوش خود این مراحل مهم مالیاتی را پشت سر بگذارد و عادلانه به نفع شرکت عمل کند.

همچنین با توجه به بخشنامه‌های مصوب مالیاتی، شرکت‌های دانش‌بنیان نوع 1 مشمول معافیت مالیاتی ماده 3 قانون حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان، در سال‌های گذشته به سازمان امور مالیاتی معرفی گردیده‌اند. بر این اساس درصورتی‌که شرکت‌های معرفی‌شده در فرایند دریافت معافیت مالیاتی در سال‌های مالی گذشته با مشکلی مواجه گردیده‌اند، می‌توانند در این قسمت با شرح مسئله خود، از نحوه اعتراض به برگ تشخیص مالیاتی و پیگیری آن مطلع شده و مشاوره لازم را دریافت نمایند. شرکت‌های متقاضی برای استفاده از این خدمت باید حداقل یک هفته قبل از جلسه حل اختلاف، درخواست خود را با ارسال کلیه مستندات ثبت نمایند

 در حال حاضر مشاوران مالی و مالیاتی خبره با مرکز شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری در حال همکاری هستند که با بررسی امور مالیاتی و تسلط کافی آماده مشاوره در خصوص هیئت حل اختلاف مالیاتی می‌باشند متقاضیان می‌توانند برای استفاده از این خدمت از طریق این لینک ثبت‌نام نمایند.