یک شرکت دانش‌بنیان موظف است همانند دیگر شرکت‌ها، مالیات خود را به‌موقع پرداخت کند. دیرکرد پرداخت مالیات می‌تواند ضررهای جبران‌ناپذیری داشته باشد. اخذ مفاصاحساب یک‌رویه مهم و زمان‌بر می‌باشد که هر شرکت دانش‌بنیان باید در زمان خاص و مشخص به سازمان مربوطه ارائه کند.

بسیاری از شرکت‌های دانش‌بنیان نوپا یا دارای ایده‌های نو هستند، امکان دارد سال‌های اولیه در صورت‌حساب‌های‌ خود از الگوی ثابتی پیروی نکنند به‌طور مثال یک سال سود بیشتر یا ضرر بیشتر همراه با بدهکاری و وام دولتی داشته باشند. این اتفاق باعث می‌شود روند اخذ تسویه مالیاتی زمان زیادی ببرد به این دلیل که بازرسان مالیاتی زمان بیشتری نیاز دارند تا بررسی‌های لازم را انجام دهند، اگر شرکت‌ها در زمان مقعر اقدام به تسویه نکنند، مجبور به پرداخت جریمه به سازمان امور مالیاتی کشور می‌شوند.

به‌علاوه گرفتن مفاصاحساب به پیگیری‌های زیادی نیاز و تمامی اطلاعات مالی و حسابداری باید به‌طور کامل به اداره مالیات ارائه شوند. یک سهل‌انگاری کوچک در ارائه اطلاعات می‌تواند برای شرکت دانش‌بنیان زیان‌آور باشد. وجود یک‌ مشاور مالیاتی در این روند کمک‌کننده است.

مشاور مالیاتی می‌تواند به‌موقع شرکت را برای اخذ برگه مفاصاحساب مطلع کندو در جمع‌آوری اطلاعات موردنیاز و دقیق صاحب شرکت و مدیر مالی راهنمایی لازم انجام دهد. مشاور مالیاتی می‌تواند درخواست‌های لازم را به اداره مالیات ارائه کند این درخواست‌ها می‌تواند بدهی‌های بخصوص را برای شرکت معاف کند یا درخواست بخشودگی را در بعضی از موارد برای شرکت تنظیم کند.

مرکز شرکت‌های دانش‌بنیان و معاونت علمی ریاست جمهوری حمایت‌های مالیاتی زیادی برای شرکت‌های دانش‌بنیان در نظر گرفته است همچنین مشاوران مالیاتی وابسته به مرکز، اما ده خدمت‌رسانی به صاحبان شرکت‌های دانش‌بنیان می‌باشند متقاضیان عزیز می‌توانند برای ثبت‌نام این طرح از لینک اقدام نمایند