زمانی که اختلافات بین کارفرما و سازمان بیمه تأمین اجتماعی ایجاد می‌شود هیئت تشخیص مطالبات سازمان بیمه وظیفه رسیدگی به شکایات را دارد که در این هیئت‌ها معمولاً به مسائلی مثل اصل حق بیمه، بیمه بیکاری و معافیت‌های قانونی پرداخته می‌شود. این هیئت از ۳ تا ۴ نفر تشکیل‌شده است. اعضای این هیئت معمولاً یک نفر از نماینده کارفرما، یک نماینده از وزارت رفاه اجتماعی، یک نماینده کارگران و یک فرد به انتخاب شورای عالی اجتماعی می‌باشد زمانی که رأی این هیئت صادر شود سازمان بیمه و کارفرما تا ۲۰ روز می‌توانند نسب به رأی صادرشده درخواست تجدیدنظر دهند. سپس هیئت تجدیدنظر طبق قوانین تشکیل شده و رأی قطعی را صادر می‌کنند.

در راستای تلاش برای حداکثر استفاده از توان کسب‌وکار داخلی و برداشتن موانع موجود بر سر راه واحدهای تولیدی و خدماتی کشور، قانون «حداکثر استفاده از توان تولیدی و خدماتی در تأمین نیازهای کشور و تقویت آن‌ها در امر صادرات و اصلاح ماده (104) قانون مالیات‌های مستقیم» در تاریخ اول مردادماه سال 1391 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید. در ماده 13 این قانون، تسهیلات و تخفیفاتی برای واحدهای معسر و دچار مشکل در بازپرداخت بدهی‌ها و جریمه‌های بیمه‌ای سازمان تأمین اجتماعی، در نظر گرفته شده است که آیین‌نامه اجرایی آن در تاریخ 1395/3/22 به تصویب هیئت‌وزیران رسید (به همراه اصلاحیه مورخ 1395/10/8). طبق بخشنامه شماره 1000/95/2973 مورخ 95/3/27 سازمان تأمین اجتماعی موضوع «بخشودگی جرائم کارفرمایان خوش‌حساب»، شرکت‌ها می‌توانند در صورت لزوم به مراجع ذی‌صلاح برای ارائه دلایل و مستندات خود مبنی بر غیرارادی بودن بدهی‌ها و آثار ناشی از تحریم‌ها مراجعه نمایند. بر این اساس درصورتی‌که برای شرکت‌های دانش‌بنیان پرونده بدهی و شمول جریمه در یکی از شعب سازمان تأمین اجتماعی در نظر گرفته شود، امور شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری پس از انجام بررسی‌های لازم و انطباق با شرایط قانون مذکور و آیین‌نامه اجرایی و بخشنامه فوق‌الذکر، معرفی‌نامه‌ای مبنی بر تأیید فعالیت‌های دانش‌بنیان شرکت و چالش‌های مالی مورد ادعای آن، جهت بخشودگی جریمه‌ها و تقسیط بدهی‌های متعلقه به شعبه موردنظر صادر خواهد کرد. مقتضی است شرکت‌های دانش‌بنیان پیش از پایان مهلت قانونی تعیین‌شده توسط سازمان تأمین اجتماعی نسبت به این درخواست اقدام فرمایند. ارائه این درخواست تا پیش از مهلت مقرر قانونی امکان رسیدگی دارد.