پیش از این نیز با تصویب شورای عالی علوم تحقیقات و فناوری (عتف)، امکان قراردادهای پژوهشی از سوی شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان و استفاده از بودجه‌های پژوهشی دستگاه‌های اجرایی فراهم شده بود.

ماده (56) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۲) بصورت زیر تصویب شده است:

ماده ۵۶- کلیه دستگاههای اجرائی موضوع ماده (۵) قانون مدیریت خدمات کشوری و دستگاههای موضوع ماده (۵۰) قانون الحاق موادی به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۱) مصوب ۱۵/ ۸/ ۱۳۸۴ مکلفند علاوه بر اعتبارات پژوهشی که ذیل دستگاه در قوانین بودجه سالانه منظور شده است، یک درصد (۱%) از اعتبارات تخصیص یافته هزینه ای به استثنای فصول (۱) و (۶) و در مورد شرکتهای دولتی از هزینه های غیرعملیاتی را برای امور پژوهشی و توسعه فناوری هزینه کنند.

تبصره - دستگاههای مذکور ضمن رعایت چهارچوب نقشه جامع علمی کشور و اولویت های تحقیقاتی دستگاه ذی ربط که به تصویب شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری می رسد مکلفند نحوه هزینه کرد این ماده را هر شش ماه یک بار به شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری و مرکز آمار ایران گزارش دهند. شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری موظف است گزارش عملکرد این ماده را به طور سالانه حداکثر تا پایان مرداد ماه به مجلس شورای اسلامی ارائه کند. همچنین مرکز آمار ایران مکلف است سالانه اطلاعات مربوط به هزینه کرد تحقیق و توسعه را منتشر نماید.

 دستورالعمل اجرایی ماده (56) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۲) پس از تصویب در شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری و تایید و توشیح رییس جمهور محترم ابلاغ شده است، بر اساس تبصره ماده (3) قانون اهداف، وظایف و تشکیلات وزارت علوم تحقیقات و فناوری، مصوبات شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری (عتف) پس از تایید رییس جمهور برای کلیه موسسات آموزشی، پژوهشی و تحقیقاتی و دستگاههای اجرایی لازم الاجرا است.

 در بخش تعاریف این دستورالعمل «مراکز پژوهشی و فناوری» بصورت زیر تعریف شده است:

مراکز پژوهشی و فناوری: دانشگاهها، موسسات آموزش عالی دولتی یا غیردولتی، موسسات پژوهشی و یا فناوری دارای مجوز از یکی از مراجع وزارت علوم، تحقیقات و فناوری؛ وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی یا مجلس شورای اسلامی و همچنین «شرکتهای دارای تاییدیه دانش بنیان از مرجع مقرر در آیین نامه اجرایی قانون حمایت از شرکتها و موسسات دانش بنیان و تجاری سازی نوآوریها و اختراعات»

 لذا شرکت‌های دانش‌بنیان مانند دانشگاه‌ها و موسسات پژوهشی و فناوری، به عنوان «مراکز پژوهشی و فناوری» صلاحیت لازم برای اجرای طرح‌های پژوهشی و تحقیقاتی را دارند.

 در ماده (6) دستورالعمل تصریح شده است:

ماده (6)- به منظور تسهیل در امور پژوهش و فناوری و استفاده از ظرفیت ملی در امر پژوهش و تقویت ارتباط دانشگاه و صنعت، دستگاه اعتبارات موضوع این قانون را از طریق عقد قرارداد با «مراکز پژوهشی و فناوری» هزینه می نماید.

**دستورالعمل ماده (56) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۲) مصوب شورایعالی عتف