مرکز شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری هم در همین زمینه اقدام به ارائه خدمات مختلفی در زمینه معافیت‌ها و حمایت‌های گمرکی کرده است. خدماتی چون «معافیت از عوارض، حقوق گمرکی و سود بازرگانی»، «ورود موقت»، «فعالان مجاز اقتصادی»، «تصویب‌نامه‌های ارزی»، «بسته حمایت از صادرات غیرنفتی»، «بسته حمایت از تولید و صادرات گمرک»، «معافیت از پرداخت مالیات 4 درصد علی‌الحساب واردات قطعی»، «پذیرش ضمانت‌نامه بانکی برای واردات»، «نحوه صدور کارت بازرگانی» و «ترخیص کالا به صورت پته یا کالای همراه مسافر».

تاکنون هم 748 شرکت دانش‌بنیان از خدمات معافیت گمرکی استفاده کرده‌اند و بیش از 2 هزار و 887 خدمت در زمینه معرفی ترخیص کالا، ثبت سفارش، تامین ارزی و سایر امور گمرکی هم به متقاضیان ارائه شده است.

معاونت علمی و فناوری ریاست ‌جمهوری با ایجاد بسته حمایت گمرکی قصد دارد تا دسترسی شرکت‌های دانش‌بنیان را به کالا، تجهیزات آزمایشگاهی و ماشین‌آلات مورد نظرشان را تسهیل کند. این خدمت نه برای افزایش واردات، بلکه برای تقویت تولید ملی در نظر گرفته شده است.

با توجه به اینکه بسیاری از شرکت‌های دانش‌بنیان کوچک و متوسط محسوب می‌شوند و از نظر مالی دارای محدودیت هستند، بسته‌های حمایتی در حوزه مالیات، گمرک و تامین اجتماعی کمک می‌کند تا آنها گام‌های اولیه را با استواری بیشتری بردارند.