تصویب قانون «حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات» در سال 1389 سرآغاز گسترده‌ترین برنامه دولت برای حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان در سال‌های اخیر بوده است.

در این قانون، محورهای مهمی از جمله تشکیل کارگروه ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان، تشکیل صندوق نوآوری و شکوفایی و ارائه معافیت‌های مالیاتی و گمرکی به شرکت‌های دانش‌بنیان مورد تاکید قرار گرفته است.

علاوه بر حمایت‌های مورد نظر این قانون، معاونت توسعه شرکت های دانش‌بنیان با استفاده از ظرفیت‌های موجود در سایر دستگاه‌ها اقدام به ایجاد حمایت‌های متنوعی به منظور توسعه کسب و کار دانش‌بنیان کرده است که در مجموع بیش از 110 عنوان را شامل می‌شود.

در برنامه‌های حمایتی معاونت توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان محورهای مهمی از جمله تسهیلات سربازی کارکنان شرکت‌های دانش‌بنیان، معافیت‌ها و حمایت‌های مالیاتی، توسعه بازار، معافیت‌ها و تسهیلات گمرکی، تسهیلات و حمایت‌های بیمه‌ای، استقرار، جواز تاسیس و پروانه بهره برداری وخدمات توانمندسازی تعریف شده است.

همچنین رفع نیازمندی‌های فناورانه صنایع بزرگ، ساخت کالای دانش‌بنیان، بیمه بازرگانی، صندوق نوآوری و شکوفایی، تسهیلات مالی، صادرات؛ دانشگاه و پژوهش، ترویج فعالیت‌های دانش‌بنیان و بورس و فرابورس از دیگر برنامه های حمایتی معاونت توسعه شرکت دانش بنیان است.

براساس این گزارش، شرکت‌های تایید شده بر اساس آیین نامه ارزیابی شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان نوع 1، نوع 2 و نوع 3 (مستعد دانش بنیان) مصوب کارگروه ارزیابی شرکت‌های دانش‌بنیان، ارزیابی و تأیید شده اند. بر این اساس شرکت‌های تولیدی و نوپای نوع 2 یا نوع 3 (مستعد دانش بنیان)، مشمول معافیت مالیاتی نخواهند بود.

معاونت علمی و فناوری رئیس جمهوری و دستگاه‌های اجرایی مختلف دولت بیش از 110 برنامه را برای حمایت از شرکت‌ها و موسسه‌های دانش‌بنیان و فناور در کشور در دست اجرا دارند.

این  برنامه های حمایتی از سوی بخش‌های مختلف معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش بنیان رئیس جمهوری، صندوق نوآوری و شکوفایی، وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و دستگاه‌های اجرایی مختلف اجرایی شده است.

معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری در نظر دارد تا با اجرای این برنامه‌های حمایتی درجهت توسعه و رشد شرکت‌های دانش‌بنیان گام بردارد و این امر را از طریق توانمندسازی این شرکت‌ها و توسعه بازار صادرات محصولات این شرکت‌ها میسر خواهد کرد.

برنامه‌های حمایتی معاونت علمی ، فناوری و اقتصاد دانش بنیان ریاست جمهوری به سه دسته تقسیم‌ شده است که شامل برنامه‌های حمایتی ذیل قانون، برنامه های‌حمایتی با همکاری سایر دستگاه های اجرایی و برنامه‌های حمایتی ذیل برنامه جامع توسعه کسب و کار شرکت‌های دانش‌بنیان است.

جزئیات مربوط به این حمایت‌ها و چگونگی برخورداری از آنها در سامانه اینترنتی کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت‌ها و موسسات دانش‌بنیان و نظارت بر اجرای معاونت علمی و فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری در دسترس است.