بحث‌های مالیاتی یکی از اصلی‌ ترین دغدغه‌های فعالان این زیست‌بوم به شمار می‌رود و بر همین اساس، در آیین‌نامه‌های اجرایی، بخش‌های قانون جهش تولید دانش‌بنیان که به موضوعاتی همچون پرداخت مالیات‌ها پرداخته‌اند، توجه شده است. یکی از محورهای این قانون، موضوع بند (چ) ماده (۸) قانون است که بر اساس آن، کارکنان شاغل در ستاد پارک علم و فناوری و همچنین کارکنان شاغل شرکت‌ها و مؤسسات فناور فعال مستقر در پارک علم و فناوری نسبت به حقوق دریافتی شان از مراکز یاد شده، مشمول ماده (۹۱) قانون مالیات‌های مستقیم – مصوب ۱۳۶۶- با اصلاحات بعدی هستند که به معنای، معافیت مالیاتی حقوق این کارکنان است. تشخیص موضوع و محل فعالیت و تعیین فهرست کارکنان شاغل در پارک علم و فناوری و فرآیند ارزیابی آنان بر عهده رییس همان پارک علم و فناوری است.

بر اساس این آیین‌نامه، برخورداری از مالیات بر حقوق با نرخ صفر (معافیت حقوق از مالیات)، مستلزم وجود فهرست الکترونیک حقوق کارکنان شاغل در پارک علم و فناوری برای سازمان امور مالیاتی کشور و خوداظهاری در قالب انتخاب گزینه فعالیت در پارک علم و فناوری است که به تأیید رییس پارک علم و فناوری رسیده است.

در اجرای صحیح این آیین‌نامه رییس پارک علم و فناوری مسئول اجرا و نظارت تعیین شده است و اعمال مالیات با نرخ صفر موضوع این آیین‌نامه، در چهارچوب شرایط مقرر، با توجه به ابلاغ قانون جهش تولید دانش‌بنیان، قابل اجرا است.

این قانون، زمینه‌ای را فراهم می‌کند تا فعالان شاغل در پارک‌های علم و فناوری، با بهره‌مندی از این معافیت مالیاتی، انگیزه‌های بیشتری را جهت فعالیت در پارکهای علم و فناوری داشته باشند و زمینه شکل‌گیری پارک‌های توانمندتری در حوزه فناوری و نوآوری کشور، فراهم شود.